BalticWaters är en oberoende stiftelse som arbetar långsiktigt för en friskare Östersjö. Stiftelsen genomför storskaliga, åtgärdsorienterade miljöprojekt och bedriver tillämpad forskning för att visa vilka åtgärder som kan bidra till ett friskare hav och livskraftiga fiskbestånd.

BalticWaters verkar också för att sprida kunskap om Östersjöns miljö till allmänhet, myndigheter och beslutsfattare. Målet är att öka kunskapen om de utmaningar som havet står inför och bygga opinion så att beslut blir tagna och åtgärder genomförda.