2,5 miljoner kronor till utveckling av teknik för att förbättra upptäckten av svåra infektioner

Clinical Genomics Örebro är ett samarbete mellan Region Örebro län och Örebro universitet.

– I det nya projektet är tanken att vi ska utveckla en ny metod för att snabbare och mer träffsäkert upptäcka bakterier och virus vid svåra infektioner säger Bianca Stenmark, Enhetschef på Klinisk genomik vid Universitetssjukhuset Örebro och Head of Unit på Clinical Genomics Örebro på Örebro universitet.

Ny teknik kan hitta sjukdomsframkallande organismer i mycket små mängder

Projektet kombinerar två avancerade DNA-tekniker för att kunna identifiera bakterier och virus även när de finns i mycket små mängder i ett prov. Det är särskilt viktigt vid allvarliga infektioner där dagens metoder inte alltid lyckas hitta orsaken till sjukdomen.

– Den nya metoden, baserad på så kallad metagenomik, innebär att man fångar upp mikroorganismernas DNA i ett prov, utan att först behöva odla dem i laboratoriet. Det gör det möjligt att upptäcka bakterier, virus och svamp direkt i patientprover. Den kan också identifiera vilken art som orsakar infektionen, upptäcka antibiotikaresistens samt sjukdomsframkallande egenskaper. Dessutom ger metoden mer detaljerad genetisk information än tidigare tekniker, förklarar hon.

Löser ett viktigt problem i vården

Vid många svåra infektioner finns ofta mycket små mängder bakterier eller virus i till exempel blod, ryggmärgsvätska eller ledvätska. Trots att patienten har en allvarlig infektion kan dagens diagnostik missa infektionen.

– När orsaken inte kan fastställas behandlas infektioner ofta med bred antibiotika utifrån misstanke. Det kan leda till osäker behandling, fler tester och längre tid till rätt diagnos, säger hon.

Målet med projektet är att ge forskare bättre verktyg för att utveckla framtidens diagnostik, där både sjukdomsframkallande organismer och eventuell antibiotikaresistens kan identifieras direkt från provet.

Kan ge mer riktad behandling och bättre beredskap

På sikt kan tekniken bidra till mer precis diagnostik och behandling av svårdiagnostiserade infektioner, till exempel infektioner i centrala nervsystemet eller djupa ledinfektioner. Genom att snabbare identifiera rätt smittämne kan behandlingen bli mer träffsäker och onödig antibiotikaanvändning minska.

– Tekniken kan också i framtiden vara användbar vid nya smittoutbrott, eftersom den kan upptäcka även närbesläktade varianter av tidigare kända mikroorganismer, säger Bianca Stenmark.

På längre sikt är ambitionen att tekniken ska användas för att bidra till mer målinriktad och effektiv behandling inom hälso- och sjukvården.

Faktaruta

• Universitetssjukhuset Örebro och Örebro universitet har tillsammans etablerat ett samarbete som en del av Science for Life Laboratories för att utveckla nya DNA-analyser och stärka forskningsstödet i regionen. Clinical Genomics Örebro ingår i ett nationellt samarbete där alla universitetssjukhus ingår.
• Science for Life Laboratory är en statligt finansierad organisation som utgör ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö.
• Som del av SciLifeLabs nationella infrastruktur arbetar Clinical Genomics med att föra den senaste forskningen närmare klinisk nytta och stärka framtidens hälso- och sjukvård.
• Projektet heter Capture-based long-read metagenomics for detection of pathogens and antimicrobial resistance.
• Metoden bygger på metagenomik, vilket innebär att man analyserar DNA i ett prov och letar efter spår av mikroorganismer utan att först behöva odla dem i laboratoriet.
• Analysen går till så att ett prov tas, till exempel blod, och sedan tillsätts speciella molekyler som fungerar som magneter och fångar upp DNA från bakterier och virus. Långa DNA-bitar läses av, vilket ger mer pricksäker information. Datoranalys visar vilket smittämne som finns och om det är resistent mot antibiotika. Eftersom metoden inte kräver att mikroorganismerna kan växa i laboratoriet kan den fungera även om patienten redan fått antibiotika.